Les défauts reconnus par les professionnels sont nombreux. Ils peuvent être dus soit à une mauvaise qualité de la matière première, soit au système d´extraction utilisé ou encore à une mauvaise conservation de l´huile une fois extraite.
Parmi les défauts les plus courants, on peut citer :
- Le chômé, le vineux, le moisi : Dus à une fermentation excessive des olives stockées en tas;
- Le lies : Du à une fermentation des particules de pulpes dans les huiles non filtrées avec ou sans sédimentation;
- Le rance : Du à une oxydation de l´huile lors du stockage (photooxydation ou oxydation par l´air).
Ces défauts ont pour point commun dans leur origine une attention insuffisante portée à la qualité des travaux, et dans leurs conséquences une disparition des attributs positifs que sont le fruité, l´amertume et le piquant.